生殖器疱疹主要是由于感染了单纯疱疹病毒而导致的。通常是感染了二型单纯疱疹病毒，这种病毒一般对生殖器部位或者肛周具有特殊的亲和力，要病原体是Ⅱ型单纯疱疹病毒，传染以后引起初发生殖器疱疹。
初发生殖器疱疹消退以后，残存的病毒经周围神经轴转移至骶神经节而长期潜伏下来。
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