直肠指诊：在内口处有轻度压痛，少数可扪到硬结。探针检查，只在治疗中应用，一般不能作为诊断用，防止穿破瘘管壁，造成假内口。
X线造影，自外口注入30%～40%碘油，照相可见瘘管分布，多用于高位肛瘘及蹄铁形肛瘘。
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