肠炎结肠炎病程较长，因此治疗起来比较困难，无特效药物，西医对此病主要运用抗生素进行消炎止痛，抗感染治疗。中医鉴于本病具有虚实夹杂、寒热错杂的特点，调理病人的肝肾脾胃，增强人的体质，以此达到机体抗病毒的目的。
另外，慢性腹泻应早做钡灌肠或结肠镜检查，以便预防恶化。
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