医生会将结膜上皮进行刮片或者提取眼睛分泌物做培养，检查细菌、真菌、分离病毒等，并做药物敏感试验。有刺激症状的病人，医生会采取用荧光素染色的办法来检查角膜。
检查结膜炎时也要结合看病人是否有屈光不正、烟酒过度、睡眠不足或长期暴露于风沙、烟尘等病史。
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