脑炎可以使用抗病毒药。当患儿呼吸困难时，医生可以采用机械性人工呼吸。脑炎患儿在治疗后的情况取决于引发病变的病毒和病情的严重程度。
大多数的患儿都可以完全复原。有少数的病例可出现永久性脑部伤害，造成单臂或单足无力、学习障碍、行为问题或癫痫。
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