衣原体尿路感染常用药物有四环素类、大环内酯类、喹诺酮类。首选阿奇霉素、多西环素，替代方案包括红霉素、左氧氟沙星。
治疗结束后3～4周需复查，治愈患者在治疗3个月内重复检测。健康携带者及患者性伴侣都应进行治疗。
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