肛瘘的分类方法有很多，临床上主要按瘘管，位置，高低，分为低位肛瘘、高位肛瘘，单纯性肛瘘，复杂性肛瘘。位于外括约肌深部以下的称为低位肛瘘，位于外括约肌三部以上的为高位肛瘘，一个内口一个外口，称为单纯性肛瘘。
两个外口或两个内口以上者，病情复杂的称为复杂性肛瘘。
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