由于有机酸代谢病临床表现复杂，症状均为非特异性，临床诊断困难，确诊需依赖生化检查。尿酮体、血糖、血氨、电解质、肝肾功能、心肌酶谱、乳酸、过筛实验可作为一般筛查方法。
运用气相色谱-质谱联用分析（GC-MS）尿有机酸分析可诊断多数有机酸代谢病。
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