主要的禁忌就是一些不适合手术的病人，癫疯的病灶非常广泛，不能够通过切除一部分结构性病灶来获益的病人。找不到一个确切的结构性病灶不能够通过做手术来进行获益。
一些基因异常、全身性的病人也不适合做癫疯手术。
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