第一次做根管治疗后第三天疼痛，上下牙碰到

你的描述不够准确，也不够清楚，没有说明根管治疗结束没有，如果是进行根管治疗第一次进行治疗以后，出现咬合痛，根尖区疼痛比较明显，这种情况下是根尖的炎性刺激引起的疼痛，需要口服头孢或青霉素类消炎药物进行治疗，前提是不对头孢和青霉素过敏，如果是根管治疗结束后出现疼痛，就是充填的材料和局部的药物刺激引起的疼痛，也可以保持局部休息，同时口服消炎药物对症治疗，观察一段时间后，就会慢慢治愈的。