结肠镜与活组织检查，纤维结肠镜检查对诊断局限性回肠炎十分重要，内镜下不但可见黏膜病变直观表现，而且反复活检有助于提高一些重要证据如非干酪样肉芽肿、裂隙性溃疡等的检出率。
可观察结肠病变部位的黏膜炎症、溃疡，并可取活检，病理证实为非干酪性肉芽肿即可确诊。
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