奥利司他胶囊的副作用主要是会出现胃肠道方面的不良反应，患者会出现腹泻、水样便或者脂肪便、腹痛、恶心、呕吐等胃肠道症状，还有可能导致其他系统的感染。
比如上下呼吸道感染、泌尿系感染等，还会有一些患者出现维生素缺乏，特别是有可能导致脂溶性维生素缺乏。
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