病毒性肠炎一般不需病原治疗，可自愈。细菌性肠炎，根据细菌药物敏感试验结果选用抗菌药。及时补充液体及纠正电解质和酸中毒。
轻度脱水而且呕吐不重者，可以口服补液。服用减少肠道蠕动和分泌性药物，可以抑制肠毒素引起的肠黏膜过度分泌，使大便的次数及便量减少。
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