治疗方法是应用抗生素。若直肠炎是因用抗生素而破坏正常肠道菌群所致，则选用其他的霉素，可消灭这些有害的致病菌。对放射治疗或病因不明者，可采用激素来治疗，两者均可作为灌肠用药。
还可以制成泡沫剂随导管插入直肠内使用。
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