导致肠炎原因是自身免疫反应。多数学者认为本病属于自身免疫性疾病。因为本病并发自身免疫病者较多，肾上腺皮质激素能使病情缓解，在部分的血清中可查到抗结肠上皮细胞抗体。
某些感染肠道菌后，可与结肠上皮细胞抗原起免疫反应，因此怀疑结肠炎的发生可能与细胞免疫异常有关。
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