大多数肠炎是感染病毒或细菌所引起，其中以病毒最为多见，如轮状病毒、诺沃克病毒、柯萨奇病毒、星状病毒等。常见细菌有致腹泻大肠杆菌、空肠弯曲菌、沙门菌、痢疾杆菌、金黄色葡萄球菌等。
原虫及真菌亦可导致肠炎。
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