甲减是由于甲状腺不发育或是发育不良导致的，当先天性原因引起组织的甲状腺激素受体的缺陷，尽管甲状腺激素的量并不高，也会由于受体的缺陷，使甲状腺激素不能发挥作用，导致甲减的发生。
由于先天性的缺陷，造成合成甲状腺激素的一些酶的缺乏，使甲状腺激素的合成发生障碍。
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