停经六十天，做彩超说孕囊只有五周大小12*9mm。

怀孕多久是从末次月经来的第一天开始算的，不是，从同房的从同房的时间开始算，所以根据你的末次月经现在已经怀孕60多天了，现在还没有胎芽和胎心而且孕囊很小，确定胚胎停育了。

你现在这种情况胚胎已经停止发育了，已经没有保留的必要了，建议及时到医院行人工流产，以免出现阴道大出血。