遗传因素、神经精神因素、自身免疫、感染因素。其中感染，在结肠炎病因中是主要病因之一。每当发病时，使用抗生素则有不同程度控病情和治疗效果，这说明与感染有关。
人类是杂食性的，当吃了不结或变质的食物，往往会发生肠道病变，是占结肠炎病因多数。
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