针对不同的病因以及病变的程度，治疗时间不同，一般为数天至数周时间，也有迁延数年时间的，主要与治疗的规律性及饮食习惯有关系。
病毒性肠炎一般不需病原治疗，可自愈。细菌性肠炎，可根据细菌药物敏感试验结果选用抗菌药。慢性肠炎经过及时适当的治疗，预后良好。
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