治疗小儿支原体肺炎首选抗生素有阿奇霉素，作用机理是与细菌细胞中的核糖体结合，通过抑制细菌蛋白质的合成，达到抗菌作用。
喹诺酮类药物对支原体也有杀灭作用，但是18周岁以下的患儿使用喹诺酮类药物容易导致软骨发育不良。
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