肝结石的发病原因与胆道的细菌感染、寄生虫感染及胆汁滞留有关，感染是导致肝结石发生的最主要的原因，最常见的感染多见于寄生虫感染，以及复发性的胆管炎，感染的同时并发胆汁的淤积，这是肝内胆管形成结石的重要基础。
只有在胆汁滞留的条件下，胆汁中的成分才能沉积并形成结石。
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