肛瘘一般可以通过肛门指诊或直肠镜检查就可以明确诊断，不需要做B超检查。是医生的肛门指检确诊的，做超声可以适当辅助，但是不能确诊，一般要100元左右。
直肠指检，常在肛管后侧、齿线附近可摸到中心凹陷的小硬结，有轻微压痛，即是原发内口。
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