甲状腺癌的发病原因不明。可能与以下有关：高碘饮食可能增加甲状腺乳头状癌的发生率。X线照射甲状腺，导致癌变。性激素与甲状腺癌的关系受到重视，可能会导致甲状腺癌。
在一些甲状腺良性疾病如结节性甲状腺肿、甲状腺增生、甲状腺功能亢进症的病人中，有少数合并甲状腺癌。
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