医生带摄像镜头的细管从肛门插入肠道，并在插入后不断往里推进。由于推进中可能在加气扩充肠道以便肠镜进入，肠镜到达检查的部位时，在一旁的电脑显示器中，医患双方都可以观察到肠道内部的情况。
如果需要，医生还会利用肠镜在肠道取样进行下一步的活检。
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