对于肛瘘的诊断，传统的方法有局部视诊、触诊，肛门指诊，探针检查以及注射染色法等，这对于一些低位或单纯性肛瘘来说有效。
而高位或复杂性肛瘘的位置高而深且常有支管迂曲走行，故对于高位或复杂性肛瘘常规方法往往很难做出准确诊断。
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