用培养、组织学方法直接检测胃黏膜内的Hp。通过胃镜钳取胃窦黏膜作Hp培养是最精确的诊断方法，可作为验证其他诊断性试验的金标准。
另一种Hp的直接检查法，能提供组织形态学的信息因为Hp定居在人胃黏液的黏液下层上皮细胞表面，该部位不存在其他细菌。
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