GIST包括发生在消化道外者组织学形态相同。基本有两种细胞类型即：多数（70%）由梭形细胞，少数（15%）由上皮样细胞组成，二种细胞混合型（15%）。
从两种细胞成分占有比例多少不同，分梭形细胞型、上皮样细胞型和两种细胞混合型。
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