得这个病与肛周脓肿、直肠肛门损伤、肛门裂反复感染等有关。肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克隆病，溃疡性结肠炎少见。
直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都少见，与一般化脓性肛瘘有区别。
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