多囊肝通常应采取非手术治疗，由于其病变累及整个肝脏，除非采用肝移植，否则不能根治本病。指导意见多囊肝一旦由于肝肿大压迫胸腹部影响呼吸循环时，需考虑手术减轻压力。
可根据具体条件用以下手术方法肝切除术;囊肿切除术;囊肿开窗术或囊肿大部切除术;囊肿内引流术等。
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