由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，对病人，应考虑手术治疗。治疗高畸形率精子症所致不育症应根据引起畸形精子的原因，消除不利因素，针对病因进行治疗。
畸形精子如超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，则治疗困难。
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