治疗高畸形率精子症所致不育症，应根据引起畸形精子的原因，消除一些不利因素，针对病因进行治疗。由生殖道感染引起者，可以考虑进行抗炎治疗。
如果是内分泌异常所致的病人，则给予内分泌功能进行调整，或者应考虑进行手术治疗。
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