调节胃肠菌群可以服用益生菌，也可以通过饮食结构的改善来达到调节的目的。病人要经常食用新鲜的水果和蔬菜，这些食物中的膳食纤维不仅会促进肠道的蠕动，也能维持肠道菌群的平衡。
另外病人要尽量避免长期服用非甾体类药物以及滥用抗生素，这些药物都能破坏肠道菌群的平衡。
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